Với Ptolemaios IX

• Cleopatra Berenice (Berenice III), danh tính người mẹ của bà ta không chắc chắn, có thể là một người con gái của Cleopatra Selene, nhưng Cleopatra IV cũng là một ứng viên và nhận được sự ủng hộ của các học giả ngày nay.[90]
• Theo Justin, Cleopatra Selene và Ptolemaios IX có hai người con;[91] sử gia John Whitehorne đã chú thích rằng sự tồn tại của những đứa trẻ này là đáng ngờ và họ có thể đã qua đời khi còn rất nhỏ.[92] Năm 103 TCN, Cleopatra III đã gửi tất cả những người cháu trai của bà ta cùng với châu báu tới đảo Kos để bảo vệ trong lúc chuẩn bị cho cuộc chiến giữa bà ta với Ptolemaios IX.[33] Năm 88 TCN, Mithridates VI đã bắt giữ toàn bộ thành viên hoàng gia Ai Cập ở Kos; hai người con của Cleopatra Selene được Justin đề cập tới, nếu như họ thực sự đã tồn tại và được gửi tới Kos bởi Cleopatra III, thì sẽ nằm trong số những người bị bắt.[93]
• Ptolemaios XII, cha của Cleopatra VII,[21][94] và người em của ông ta, Ptolemaios của Cyprus.[95]Tính chính thống của Ptolemaios XII đã có lịch sử bị nghi ngờ;[note 10] Cha của ông ta chắc chắn là Ptolemaios IX nhưng danh tính người mẹ thì lại mơ hồ.[98] Cicero đã viết rằng Ptolemaios XII là vị vua "không có dòng dõi và cũng không có tinh thần",[96] nhưng nhà cổ đại học John Pentland Mahaffy chú thích rằng lời nhận xét của Cicero ngụ ý rằng người mẹ của Ptolemaios XII không phải là một hoàng hậu trị vì khi ông ta được sinh ra, và vì thế có thể là Cleopatra IV,[99]Cuộc hôn nhân giữa bà ta với Ptolemaios IX có thể bị coi là không môn đăng hộ đối (một cuộc hôn nhân giữa hai người không bình đẳng về mặt giai cấp).[note 11][102]
  Sử gia Christopher J. Bennett coi Ptolemaios XII và em trai của ông ta chính là hai đứa trẻ được Justin đề cập tới,[note 12] nhưng đề xuất rằng chúng là con của Cleopatra IV, mà vốn bị coi là con hoang vì cuộc hôn nhân "không môn đăng hộ đối" của cha mẹ họ.[105] Do vậy, Cleopatra Selene không phải là người mẹ ruột, thay vào đó bà là người mẹ mang tính nghi thức, do đó điều này giải thích cho nỗ lực của bà nhằm tôn một người con trai của bà lên làm vua của Ai Cập vào năm 75 TCN bằng cách bác bỏ tính chính thống của Ptolemaios XII.[note 13][106] Whitehorne, trích dẫn sự phủ nhận của Cleopatra Selene đối với tính chính thống của Ptolemaios XII, phủ nhận việc đồng nhất Ptolemaios XII và em trai của ông ta với hai đứa trẻ được đề cập tới trong tác phẩm của Justin.[104]

Với Ptolemaios X

Cleopatra Selene có thể đã sinh cho Ptolemaios X người con trai Ptolemaios XI nhưng địa vị người mẹ của bà lại không thể được xác nhận;[34] Thay vào đó Cleopatra IV có thể là người mẹ, nhưng đây cũng chỉ là một giả thuyết và danh tính người mẹ của Ptolemaios XI vẫn còn là một bí ẩn.[92]

Với Antiochos X

Việc xác định những người con của Antiochos X và Cleopatra Selene là điều còn phải bàn cãi; Cicero đã viết rằng hoàng hậu có hai người con trai, một trong số đó tên là Antiochos.[107] Bà có thể còn có thêm một người con gái nữa từ cuộc hôn nhân này, nhưng điều này không thể được xác nhận;[108] theo Plutarch, Tigranes II "đã xử tử những người kế vị của Seleukos, và giam cầm những người vợ và con gái của họ".[109] Do đó, có khả năng rằng Cleopatra Selene đã có một người con gái bị Tigranes II bắt giữ.[110]

• Antiochos XIII: người con trai này là Antiochos của Cicero,[109] ông đã tự mình cai trị sau khi mẹ của ông qua đời, ông xuất hiện trên các đồng tiền của mình là Antiochos Philadelphos ("tình yêu của người anh"), nhưng trên các đồng tiền mà Cleopatra Selene được miêu tả bên cạnh người con trai trị vì của bà, nhà vua được gọi là Antiochos Philometor ("tình yêu của người mẹ"). Điều này đã khiến cho các học giả đề xuất nhiều giả thuyết khác nhau: Kay Ehling, tái xác nhận lại quan điểm của Bouché-Leclercq, cho rằng Cleopatra Selene có hai người con trai khác nhau, cả hai đều tên là Antiochos.[67] Nhưng Cicero, vốn chỉ ghi lại tên của một người, nói rằng chỉ một người trong số họ có tên là Antiochos;[107] Để đề xuất của Ehling là hợp lý, thì Antiochos Philometor phải là Antiochos được Cicero đề cập tới, vậy thì ông ta đã qua đời và người em của ông, vốn có một cái tên khác, đã sử dụng tên gọi triều đại Antiochos cùng với biệt danh Philadelphos, nhưng viễn cảnh này lại phức tạp và vẫn chỉ là một giả thuyết.[109] Do đó, Antiochos XIII đã sử dụng hai biệt danh: Philadelphos và Philometor.[111]
• Seleukos Kybiosaktes: người con trai thứ hai của Cleopatra Selene, không được Cicero nhắc đến tên và không xuất hiện trong bất cứ nguồn cổ đại nào,[80] thường được các học giả ngày nay đồng nhất với một nhân vật khác có tên Seleukos Kybiosaktes, ông ta xuất hiện ở Ai Cập vào k. 58 TCN với vai trò là chồng của Berenice IV của Ai Cập.[112] Kybiosaktes chưa bao giờ xuất hiện cùng với Cleopatra Selene trong các nguồn cổ đại; đồng thời thiếu các bằng chứng vững chắc và việc nhận dạng vẫn còn là một giả thuyết.[note 14][112]
• Seleukos VII: năm 2002, nhà sưu tập tiền xu Brian Kritt tuyên bố phát hiện và giải mã một đồng tiền xu mang chân dung của Cleopatra Selene và một vị vua đồng cai trị;[114][115] Kritt đã đọc tên của vị vua này là Seleukos Philometor và, dựa vào biệt hiệu, đồng nhất ông ta với người con trai của Cleopatra Selene mà vốn không được Cicero nêu tên.[113] Kritt đã đặt tên cho vị vua mới này là Seleukos VII, và cho rằng nhiều khả năng ông ta chính là Kybiosaktes.[116] Cách đọc "Seleukos VII" đã được chấp nhận bởi một số học giả là Lloyd Llewellyn Jones và Michael Roy Burgess,[34][68]nhưng Hoover đã bác bỏ cách đọc của Kritt, ông ta lưu ý rằng đồng xu này đã bị hư hỏng nặng và một số chữ không thể đọc được; Hoover đọc tên của vị vua này là Antiochos và đồng nhất ông ta với Antiochos XIII.[115] Theo Wright, nếu cách độc của Kritt được chấp nhận, thì có khả năng rằng Cleopatra Selene đã bị Antiochos XIII ghẻ lạnh vào thời một thời điểm nào đó trước năm 75 TCN và bà đã tuyên bố Seleukos VII là người đồng cai trị với mình.[note 15][117]